- Kantor Kementerian Agama Kota Magelang berkedudukan di Jalan Urip Sumoharjo No. 106 Wates Kota Magelang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Prov. Jawa Tengah.
- Kantor Kementerian Agama Kota Magelang mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah Kota Magelang berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama provinsi dan ketentuan peraturan perundang-undangan dengan menyelenggarakan tugas dan fungsi :
- Subbagian Tata Usaha melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
- Seksi Pendidikan Madrasah melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.
- Seksi Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan agama Islam pada pendidikan anak usia dini, sekolah dasar atau sekolah dasar luar biasa, sekolah menengah pertama atau sekolah menengah pertama luar biasa, sekolah menengah atas atau sekolah menengah atas luar biasa, dan sekolah menengah kejuruan. melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah, diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.
- Seksi Bimbingan Masyarakat Islam melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, serta penerangan agama Islam.
- Penyelenggara Zakat dan Wakaf melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pemberdayaan zakat dan wakaf.
- Kelompok Jabatan Fungsional.
